Kementerian Agama Kota Bontang terbentuk mengiringi terbentuknya Kota Bontang sebagai kota yang otonom. Melalui Keputusan Menteri Agama Nomor 381 tahun 2001, Kementerian Agama Kota Bontang resmi terbentuk. Diawal berdirinya, Kementerian Agama Kota Bontang menempati kantor di Jalan MH. Thamrin, mengontrak salah satu rumah warga. Pada tahun 2004, melalui perjuangan yang cukup, Kepala Kantor yang saat itu menjabat, Drs. H. Hasan Aidil, berhasil memperoleh sebidang tanah dengan status pinjam pakai dari Pemerintah Kota Bontang yang berlokasi di Jl. Kapt. P. Tendean (ex JL. Yos Sudarso). Di atas tanah aset milik Pemerintah Kota inilah akhirnya dibangun gedung Kantor Kementerian Agama Kota Bontang yang menggunakan anggaran APBN Tahun 2005.

Alamat Kantor Kementerian Agama Kota Bontang sampai saat ini adalah Jl. Kapt. Piere Tendean No.20B RT.09 Kelurahan Bontang Kuala Kecamatan Bontang Utara Kota Bontang Kode Pos 75314, Telpon/Fax. (0548)-26155/26154, e-mail: kotabontang@kemenag.go.id dengan titik koordinat (0.134790, 117.504951)

Nama-nama Kepala Kantor Kementerian Agama Kota Bontang sejak tahun 2002 hingga sekarang adalah sebagai berikut:

1. Drs. H. Hasan Aidil, M. Si (2002-2010)

2. H. Aidil Adha, S. Ag (2011-2013)

3. Drs. H. Abd. Hamid, M. Pd (2013-2016)

4. Drs. H. Sulaiman (2016-2019)

5. H. Muhammad Isnaini S.Ag., M.pd (2019-2021)

6. H. M. Izzat Solihin S.Ag., M.Pd (2021-2023)

7. H. Muhammad Hamzah S.H.I., M.H (2023 - sekarang)

Kantor Kementerian Agama Kota Bontang membawahi tiga Kantor Urusan Agama, sesuai dengan jumlah kecamatan yang ada di Kota Bontang, yakni:

1. Kantor Urusan Agama Kecamatan Bontang Utara

2. Kantor Urusan Agama Kecamatan Bontang Selatan

3. Kantor Urusan Agama Kecamatan Bontang Barat